Die 1650 an der Stelle eines früheren Gebäudes errichtete Kirche St. Johannes der Täufer ist Teil des Franziskanerklosters in Varazhdin. Der Komplex beherbergte eine Krankenstation und eine Apotheke und war somit sowohl Teil des weltlichen als auch des religiösen Lebens der Stadt. Vor allem die Apotheke hat mit ihrer mit Fresken aus dem 18. Jahrhundert bemalten Decke einen kunsthistorischen Wert. Der Glockenturm der Kirche ist mit 54,4 Metern der höchste der Stadt. Der dem Heiligen Johannes dem Täufer geweihte Kirchenaltar ist ein beeindruckendes Kunstwerk, das auf dem Entwurf eines Franziskaners aus Bayern beruht. Er wurde Ende des 17. Jahrhunderts von Kunsthandwerkern aus Maribor angefertigt und nach seiner Fertigstellung, wahrscheinlich 1702, der Kirche übergeben. Neben anderen Kunstwerken enthält der Altar Gemälde verschiedener Franziskaner, Skulpturen und dekorative Elemente, von denen die beiden letzteren 1715 von J. Shidt, einem Zagreber Maler, vergoldet wurden. Weitere Renovierungsarbeiten am Altar wurden 1908 durchgeführt und die jüngsten wurden 2018 abgeschlossen, nachdem sie vom kroatischen Institut für Konservierung durchgeführt wurden.
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